V drugi polovici prejšnjega stoletja je število BPK v tipu drastično upadlo. V čisti reji so se trajno, nepovratno izgubili številni rodovi kobil. S tem je je bila narejena izredna in nepopravljiva škoda genetski variabilnosti bosanskega planinskega konja.

Izumrli rodovi kobil: Ruža, Dinarka, Čula, Lasa, Zagorka, Fatima, Kovačica, Branka, Maca, Bojana, Luša, Munja, Vila, Bosna, Usora , Tara, Olga, Vranuša, Vranka, Ukrina, Vranica, Vidra, Žepa, Raduša in Gora.

Obstoječi stari rodovi kobil: Medina (1924), Lasta (1923), Zorka (1928), Iskra (1929), Mica (pred 1948), Una (1937), Morina (1964).

Novi rodovi kobil: Una P (1990) – Planido, Dinara (1994) – Planido, Mrkuša (1995) – Planido, Zora (1996) – Planido, Vidra (1999) – Planido, Sena (2000) – Žiga, Bosna (2005) – Žiga, Gara (2008) – Žiga, Đula (2008) – Žiga.